В XII веке Метехский храм окружала крепостная стена, а рядом стоял большой дворец, но после монгольского нашествия от них осталось лишь немного фундамента, как и от самого храма. Но его принялись сразу же восстанавливать, однако храм пострадал от персов, потом от турок, а потом его чуть не разрушили советские власти. За храм вступился известный художник Дмитрий Шеварднадзе. Ценой своей жизни ему удалось отстоять его.

В XIX веке часть стен храма разрушили и в 1819 года его превратили в тюрьму, а в 1921 – в тюрьму НКВД. При советской власти казематы тоже снесли. Храм ожидала та же участь, однако художник Дмитрий Шеварднадзе в 1937 году активно протестовал против разрушения Метехского храма. Его арестовали и расстреляли, но храм не снесли. В 1988 году после глобальной реставрации храм Метехи был возвращен верующим и по сей день является действующим храмом.

С местом, на котором стоит храм, связана печальная легенда. В V веке во времена царствования царя Вахтанга I Горгасала его военным начальником был Вардан Мамиконян. У него была дочь по имени Шушаник. Когда она повзрослела ее выдали замуж за правителя Картли Вазгена. Тот был против власти царя Грузии, а потом хотел объединиться с шахом Персии и свергнуть его. Шушаник узнала об этом. Девушка заперлась в своей комнате и стала молиться за жизни своих родных. Муж пытался выманить жену, но она согласилась выйти только, когда об этом ее попросили родители. Тогда Вазген стал заставлять Шушаник принять языческую веру, но та категорически отказалась.

Картли Вазген избил свою жену и запер в потайной комнате замка без воды и еды. Девушка спаслась от смерти лишь благодаря христианским священникам, которые приносили ей еду. Во время войны Шушаник освободили, но когда вернулся муж, он снова избил ее и запер в темнице. Шушаник прожила еще 6 лет и умерла в 475 году. По легенде, на том самом месте и стоит Метехский храм. Мощи святой похоронены рядом с ним.